Seiring dengan berjalannya waktu, MAN 2 Model Pekanbaru terus berkembang ke arah yang lebih baik. Hal ini terbukti dengan beberapa langkah nyata yang telah diambil oleh petinggi sekolah tersebut.
Salah satu langkah paling strategis adalah menjalin kerja sama dengan Madrasah Aliah Negeri Ihsan Cendikia Serpong. Keputusan ini berkaitan erat dengan kebijakan Kantor Wilayah Departemen Agama Riau yang mencanangkan MAN 2 Model Pekanbaru sebagai Madrasah Nasional Bertaraf Internasional pada tahun 2009.



Untuk menunjang pencapaian MAN 2 Model Pekanbaru menjadi Madrasah Nasional Bertaraf Internasional (MNBI) pada 2009 diatas dikeluarkanlah dana untuk merenovasi gedung-gedung madrasah yang beralamat di Jalan Diponegoro tersebut. Mulai dari perbaikan lokal, kantor dan penambahan fasilitas-fasilitas penting lainnya.
Penunjukan MAN 2 Model sebagai Madrasah yang akan dibentuk menjadi Madrasah Bertaraf Internasional bukan tak beralasan, sebab MAN 2 Model Pekanbaru sudah terbukti dan teruji prestasi dan kualitasnya, baik itu antar sesama madrasah aliah maupun sekolah-sekolah umum yang ada di Riau. Sebagai contoh kecil saja, MAN 2 telah berhasil meraih juara umum Olimpiade Mafikibb tiga kali berturut-turut, telah mengirim salah satu siswanya ke Jerman dan beberapa siswa telah lulus di Fakultas Kedokteran di Riau tanpa test serta banyak lagi. Jadi keputusan yang diambil oleh Kanwil Depag Riau untuk menjadikan MAN 2 Model Pekanbaru sebuah Madrasah Nasional Bertaraf Internasional itu adalah tepat sekali.

MAN 2 Model Pekanbaru yang saat ini sedang giat-giatnya mempersiapkan diri menjadi Madrasah Nasional Bertaraf Internasional (MNBI) pada tahun 2009 mendatang siapa sangka telah berubah-ubah nama beberapa kali.
MAN 2 Model Pekanbaru yang beralamat di Jalan Diponegoro no.55 ini pada mulanya bernama Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN), yang pada waktu itu 3 tahun dan selanjutnya berubah menjadi PGAN 6 Tahun. Pada zamannya PGAN sangat populer di kalangan pelajar kota Pekanbaru. Selain terkenal dengan pendidikan agamanya, PGAN juga terkenal dengan ekstrakulikulernya pada waktu itu yang paling menonjol adalah Pramuka.



Pada tahun 1993, PGAN beralih status menjadi MAN 2 Pekanbaru. Singkat cerita, semenjak Drs.H.Mukhlis Munaf menjabat kepala sekolah, prestasi MAN 2 terus menanjak. Alhasil MAN 2 naik status menjadi MAN percontohan di Riau, hingga namanya berubah menjadi MAN 2 Model Pekanbaru. Karena perkembangan prestasinya sangat cepat, MAN 2 Model mendapat penghargaan MAN terbaik Nasional kategori Model (Percontohan).
Nah, hal ini-lah yang membuat Kantor Wilayah Departemen Agama Riau merencanakan MAN 2 Model Pekanbaru sebagai Madrasah Nasional Bertaraf Internasional tahun 2009 mendatang. Untuk mewujudkan MAN 2 Model Pekanbaru sebagai Madrasah Nasional Bertaraf Internasional, sekolah itu menjalin kerja sama dengan MAN Ihsan Cendikia Serpong. Telah banyak perubahan terjadi di sekolah ini hingga menjadi salah sekolah terfavorite di Pekanbaru.

;;